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MakeShopとShopifyの選定で失敗する企業が見落とす運用コスト構造と比較判断の基準とは

2026.06.27 MakeShop　福岡ECサイト　

福岡ECサイト株式会社
代表鳥井敏史

この記事を書いた人

福岡ECサイト株式会社　代表　鳥井敏史

ECサイト制作・AI検索対策の実務コンサルタント。15年以上にわたりECサイトの売上構造改善と集客設計を支援。売上改善・集客改善の実務支援を中心に企業のECサイト構造の再設計を行う。

専門分野

ECサイト制作 ECサイトリニューアル AI検索対策 SEO / コンテンツ設計

ECサイト改善の主な実績

・ECサイト制作歴15年以上・MakeShopアンバサダー・JBEA EC業界SEO部門2025受賞・月商100万円 → 月商2,000万円・BtoB EC 月商100万円 → 月商1,000万円・支援企業：JR九州 / JAL / 名鉄など

この記事の監修

福岡ECサイト株式会社　代表　鳥井敏史

MakeShopとShopifyで迷う企業の本当の課題とは

MakeShopとShopifyで迷う企業が増えています。機能比較表を見ても、どちらが正解か判断できない状態に陥っていませんか。その理由は、プラットフォーム選択が実は「機能の優劣」ではなく「運用体制と費用構造の設計」で決まるからです。

MakeShopとShopifyの選択とは、月額費用・初期投資・カスタマイズ能力・運用人員・3年間の総投資額を含めて判断する体制設計である。この判断を誤ると、導入後に「思ったより費用がかかる」「機能が足りない」「運用が回らない」という状況に陥ります。

なぜプラットフォーム選択で失敗するのか

企業が迷う理由は、選択基準が明確でないからです。Shopify管理画面で「月額29ドル」と見ても、実装費用・アプリ費用・決済手数料・ストレージ費用を含めると総額がいくらになるのか。MakeShop管理画面で「月額11,000円」と見ても、カスタマイズに追加費用がかかるのか、運用サポートの費用は含まれるのか。この全体像がないまま比較するから迷うのです。

実際の現場では、営業が「機能が充実しています」と説明してくれても、その機能を運用する人員が用意できるかは別問題です。Slackで「このShopify機能、実は使ってないよね」という会話が生まれるのは、選択段階で運用体制を想定していないからです。

つまり、正しい選択とは「機能で選ぶ」のではなく「3年間にいくら投資することになるか」「運用に何人必要か」「売上規模にいつ到達するか」を先に決めることです。

MakeShopとShopifyは運用体制で分かれる

この2つのプラットフォームは、実は運用スタイルがまったく異なります。MakeShopは「クラウド型の日本向けASP」であり、Shopifyは「世界標準のプラットフォーム」です。その違いは単なる所属地域ではなく、運用体制そのものに影響します。

MakeShopが向く企業の運用体制

MakeShopは月額費用が11,000円から用意されており、初期投資が比較的低いプラットフォームです。カテゴリー設計・商品登録・配送設定がすべてMakeShop管理画面で完結するため、Webに詳しくない企業でも運用できる設計になっています。

実装時にカスタマイズが必要な場合、MakeShop認定パートナーに依頼して対応します。Shopifyと異なり、選択肢は限定されていますが、その代わり「この設定なら対応可能か」の判断が早いという特徴があります。つまり、運用体制がシンプルで人数が少ない企業向けです。

初期投資：50万〜150万円程度
月額費用：11,000円〜33,000円
カスタマイズ依頼先：MakeShop認定パートナーに限定
3年間の総投資（初期+月額+カスタマイズ）：200万〜400万円
運用人数：1〜2人で対応可能

Shopifyが向く企業の運用体制

Shopifyは月額29ドル（約4,000円）から提供されていますが、これは最小プランです。売上が成長するにつれてプランを上げ、アプリを追加し、開発会社にカスタマイズを依頼することで機能を拡張していく仕組みです。

Shopify管理画面を見ると「App Store」という拡張機能市場があり、ここで必要な機能を自由に選べます。ただしアプリは1つ月額20ドル〜500ドルするものが多く、組み合わせると運用費が膨らみます。つまり、Shopifyは「スタートは安い、でも成長に伴う費用増加が大きい」という特徴があります。

初期投資：200万〜500万円程度（実装・カスタマイズ含む）
月額費用：29ドル（Basic）〜299ドル（Plus）
アプリ費用：月額100ドル〜300ドル（目安）
3年間の総投資（初期+月額+アプリ）：600万〜1,500万円
運用人数：2〜5人（開発・マーケ・運用が分散）

費用構造の落とし穴とは何か

企業が「思ったより費用がかかる」と後悔するのは、隠れ費用が見積もりに含まれていないからです。どちらのプラットフォームでも、表面上の月額費用だけでは判断できません。

MakeShopの隠れ費用

MakeShopの月額費用は固定ですが、以下の費用が追加で発生します。

カテゴリーカスタマイズ：10万〜30万円
デザイン変更：5万〜20万円
商品一括登録サービス：商品数に応じて50万〜200万円
決済手数料：売上に応じて3.5%〜5.5%
配送システム連携：10万〜30万円

GA4連携・Search Console連携・SNS連携などは、MakeShop管理画面では対応できず、カスタマイズが必要になるケースが多いです。

Shopifyの隠れ費用

Shopifyは月額が安い分、アプリと開発費で大きく膨らみます。

実装・カスタマイズ：200万〜500万円
在庫管理アプリ：月額50ドル〜
マーケティングオートメーション：月額100ドル〜
受発注管理システム連携：月額200ドル〜
決済手数料：売上に応じて2.9%+$0.30（Shopify Payments）
外部システム連携開発：50万〜200万円

Shopify管理画面で「このアプリが必要」と判断してから、開発会社に相談して、初めて「実装に3週間、費用30万円」という見積もりが出てくるという状況が起きやすいです。

運用体制による選択基準とは

正しい選択は、企業の「現在の運用体制」「今後3年の成長速度」「確保できる人員」を先に決めることです。

MakeShopを選ぶべき企業

MakeShopが適切な企業は、以下の条件に当てはまります。

現在の月商：500万〜3,000万円
3年後の目標月商：3,000万〜1億円
確保できる運用人数：1〜2人
Webカスタマイズの知識：なくても対応可能
外部システム連携：少ない（受発注管理、在庫連携程度）
決済方法：クレジットカード・コンビニ決済など一般的な方法でOK

MakeShopは日本のEC支援が手厚いため、サポートから「このカテゴリ設計なら売上が上がりやすい」というアドバイスをもらえます。つまり、運用ノウハウが欲しい企業に向いています。

Shopifyを選ぶべき企業

Shopifyが適切な企業は、以下の条件に当てはまります。

現在の月商：3,000万〜5億円
3年後の目標月商：5億〜50億円
確保できる運用人数：3〜5人以上
Webカスタマイズの知識：エンジニアまたは開発会社を起用可能
外部システム連携：多い（WMS・ERP・マーケティングツール複数）
決済方法：多言語・多通貨対応が必要

Shopifyは「成長に伴う機能拡張」が前提の設計です。売上が10倍になったとき、Shopify管理画面を見て「このアプリが必要」と判断して追加できる柔軟性があります。つまり、スケール前提で選ぶべきプラットフォームです。

福岡ECサイト株式会社が診断する判断基準

福岡ECサイト株式会社では、このプラットフォーム選択を「3年間の総投資額」と「運用体制の構築可否」の2軸で判断しています。

判断プロセスの流れ

正しい選択をするには、順番が重要です。

現在の月商と3年後の目標月商を決める
その成長に必要な運用人数を算出する
運用人数から逆算して、機能要件を洗い出す
機能要件を実装するために、どちらのプラットフォームが安いか計算する
決済手数料・アプリ費用・開発費を含めた3年間の総投資額で比較する

このプロセスを無視して「Shopifyが流行ってるから」「MakeShopの方が安いから」という理由で選ぶから失敗するのです。

判断基準の数値ポイント

月商3,000万円以下の企業：MakeShop推奨（3年の総投資は200万〜400万円で抑えやすい）
月商3,000万〜1億円の企業：MakeShopまたはShopify（運用人数による。2人以下ならMakeShop、3人以上ならShopifyを検討）
月商1億円以上の企業：Shopify推奨（外部システム連携が必須になり、Shopifyの汎用性が活躍する）
年間成長率50%以上の企業：Shopify推奨（機能拡張の速度がMakeShopでは対応できない）

よくある失敗パターンと回避方法

実際のEC運用では、以下の失敗が繰り返されています。

失敗例1：見積もり段階で隠れ費用を見落とす

営業から「月額29ドル」と聞いてShopifyを選択した企業が、実装から6ヶ月後に「月額費用が300ドル近くになっている」と驚く状況が起きます。

原因は、見積もり段階で「アプリ費用」「開発費」「決済手数料」をすべて含めた3年間の総投資額を計算していないからです。

回避方法は、営業から初期見積もりをもらった段階で「3年間の総投資額はいくらか」「月額・アプリ・開発費の内訳は」を確認すること。この質問で曖昧な回答しかもらえない場合は、その会社との契約は避けるべき信号です。

失敗例2：運用人数を過小評価する

「Shopifyなら簡単に運用できる」という認識で、現在の運用人数のまま導入した企業が、実装後に「管理画面が複雑で、修正に時間がかかる」と悩む状況が起きます。

Shopify管理画面は自由度が高い分、商品登録・カテゴリ設計・在庫管理が複雑です。MakeShopなら月20時間で対応できる運用が、Shopifyでは月60時間必要になることが多いです。

回避方法は、導入前に「運用シミュレーション」を実施すること。「商品100個の登録に何時間かかるか」「カテゴリ変更に何時間かかるか」を実装企業に質問して、現在の人数で対応できるか判断することが重要です。

MakeShopとShopifyの構造的な違い

この2つのプラットフォームは、単なる「国産か海外か」という違いではなく、根本的な設計思想が異なります。

売上構造の組み立て方が違う

MakeShopは「日本のEC業界の売上パターン」を前提に設計されています。そのため、カテゴリ設計・商品訴求・決済フロー・配送フローがすべて「日本で売れやすい構造」になっています。

Shopifyは「世界中のEC業者」を対象に設計されています。そのため、基本構造は自由度を重視しており、日本の売上構造に最適化するには、カスタマイズが必須です。

つまり、MakeShopは「最初からある程度の売上構造が用意されている」であり、Shopifyは「売上構造をゼロから設計する責任がある」という違いです。

福岡ECサイト株式会社ではこれを「構造売上理論」と呼んでいます。MakeShopは提供側が売上構造を用意してくれるプラットフォームであり、Shopifyは企業側が売上構造を設計する必要があるプラットフォームなのです。この違いを理解した上で選択すれば、導入後の失敗は大きく減ります。

プラットフォーム選択の前に確認すべきチェックリスト

実装企業の提案を受ける前に、自社で以下を整理しておくことが重要です。

現在の月商はいくらか（売上データから明確な数字で）
3年後の目標月商をいくらに設定するか（根拠は営業計画から）
そのために追加で採用できる運用人数は何人か（予算制約から）
現在、どのシステムと連携する必要があるか（WMS・ERP・会計システムなど）
3年後には、どんな連携が増えるか（多言語対応・海外配送など）
決済手数料をいくら削減できれば、投資回収できるか（3年間の売上予測から）

これらを整理した状態で、実装企業に「月額費用だけでなく3年間の総投資額を教えてください」と質問することで、正確な比較ができます。

Before・Afterで見る選択の失敗と成功

判断基準	失敗する企業	成功する企業
選択理由	「月額費用が安い」という理由で選ぶ	「3年間の総投資額」で比較して選ぶ
見積もり確認	月額費用と初期費用だけで判断	月額・アプリ・開発・決済手数料を含めた総額で判断
運用人数の想定	「現在の人数で対応できる」と想定	「導入時に何人増やす必要があるか」を事前にシミュレーション
外部連携の検討	「今は必要ない」と判断	「3年後に必要になる連携」を先読みして選択
導入後の対応	「思ったより機能が足りない」と後悔	「必要な機能を実装できる」と確認してから導入

MakeShopとShopifyに関するよくある質問

Shopifyで月額費用を安く抑えることはできますか

Shopifyの基本プランは月額29ドルですが、実運用では難しいです。理由は、基本プランでは「スタッフアカウント数が限定」「レポート機能が制限」「在庫管理が簡易的」だからです。実際には月額99ドル（Shopify）か299ドル（Plus）のプランが必要になるケースが多く、加えてアプリ費用が100ドル〜300ドル毎月発生します。つまり、月額費用だけで400ドル前後になることが一般的です。初期段階で「29ドルプランで始めて、後で上げる」という想定は避けるべきです。

MakeShopでカスタマイズ費用を抑えることはできますか

カスタマイズ費用は「何をカスタマイズするか」で決まります。商品ページのデザイン変更は5万〜10万円で済みますが、外部システム連携は30万〜100万円になることが多いです。抑える方法は「導入時にカスタマイズを最小限にして、その後段階的に追加する」という方法がありますが、この場合は長期的に費用が膨らむリスクがあります。最初に「3年間で何をカスタマイズするか」を決めて一括実装した方が、トータル費用は安くなります。

月商がまだ小さい場合、どちらを選ぶべきですか

月商500万円以下の企業であれば、MakeShopを強く推奨します。理由は、Shopifyの初期投資（200万〜500万円）が売上全体の大きな割合を占めるからです。一方、MakeShopなら初期投資を50万〜150万円に抑えられ、月額費用も月11,000円から用意されています。月商が成長してから、Shopifyへの移行を検討する方が、トータル的には賢明な判断です。

今後、両方を並行運用することは可能ですか

技術的には可能ですが、経営的には推奨しません。理由は、在庫管理・顧客管理が分散して、運用の複雑さが倍増するからです。MakeShopで確立された売上構造がある場合は、その構造を理解した上でShopifyに全面移行する方が安全です。段階的に移行したい場合は、カテゴリごと・商品群ごとに切り替えるのではなく「時期を決めて一括切り替え」する方が、運用トラブルを避けられます。

決済手数料はどちらが安いですか

MakeShopは決済手数料3.5%〜5.5%、Shopifyは2.9%+$0.30（Shopify Payments）です。月商1,000万円の場合、MakeShopは月額35万〜55万円、Shopifyは月額33万円前後になります。つまり、高い月商であればShopifyの方が手数料は安いです。ただし、3年間の総投資額（初期費用・月額・アプリ費用を含める）で見たときに、その手数料削減分が回収できるかは、企業ごとに異なります。

サイトリニューアルを検討する場合、どちらへ移行すべきですか

現在のプラットフォームで売上が出ていれば、移行のメリットは慎重に検討すべきです。理由は、新しいプラットフォームでも「売上構造を再構築する期間」があり、その間は売上が落ちるリスクがあるからです。移行を判断する基準は「現在のプラットフォームで解決できない課題があるか」「その課題を解決するためのカスタマイズ費用は移行費用より高いか」の2点です。この判断を間違えて「新しいプラットフォームなら売上が伸びる」と期待すると、失敗します。福岡ECサイト株式会社では、このサイトリニューアルの判断基準を「構造売上理論」に基づいて診断しています。

プラットフォーム選択後の運用が成功するための条件

プラットフォームを選んだ後、実際に売上を作るには、構造を正しく設計する必要があります。これは「機能」の問題ではなく「設計」の問題です。

MakeShopを選んだ企業が失敗するのは、提供される売上構造を活用していないからです。逆に、Shopifyを選んだ企業が成功するのは、自社で売上構造を設計して、その実装をきちんと行っているからです。

つまり、プラットフォーム選択の後に重要なのは「このプラットフォームでどのような売上構造を構築するか」という設計フェーズです。このフェーズを飛ばして「取りあえず導入して、あとは運用で何とかする」という判断をすると、機能は充実しているのに売上が伸びないという状況が生まれます。

つまり、MakeShopとShopifyの選択とは

プラットフォーム選択とは、月額費用や機能では決まらず、企業の成長速度・運用体制・3年間の総投資額の3要素で判断する経営判断である。この判断を誤ると、導入後に「思ったより費用がかかる」「運用が回らない」という失敗に陥る。

まとめ：プラットフォーム選択の判断基準

MakeShopとShopifyの選択は、以下の3段階で判断することが重要です。

現在の月商と3年後の目標月商を決める。月商3,000万円以下ならMakeShop、3,000万〜1億円は運用人数による、1億円以上はShopifyという判断基準があります。
3年間の総投資額を比較する。月額費用だけでなく、初期費用・カスタマイズ費用・アプリ費用・決済手数料を含めて、どちらが安いかを計算します。この計算を誤ると、後から「思ったより費用がかかった」という後悔につながります。
運用人数を確保できるかを判断する。選んだプラットフォームの管理画面がどれくらい複雑か、導入後に何時間/月の運用が必要か、それに対応できる人員を用意できるかを事前にシミュレーションします。

この3段階を経ずにプラットフォームを選ぶから失敗が起きます。営業の説明だけでなく、自社の経営数値・運用体制・成長計画と照らし合わせた判断が必須です。

まずは、現在の月商と3年後の目標月商を整理してみてください

プラットフォーム選択は、その企業の経営判断そのものです。

営業資料を見ても判断できない理由は、自社の成長計画が明確になっていないからです。まずは社内で「3年後、どのレベルの月商を目指すのか」を合意してから、それに必要な投資額を計算する方法をお勧めします。

この判断に不安がある場合は、複数のシステム会社に「3年間の総投資額シミュレーション」を依頼して、見積もりを比較することで、より精度の高い判断ができます。

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MakeShopとShopifyの選択に関するよくある質問

現在MakeShopで月商500万円ですが、1年で2,000万円まで成長した場合、Shopifyに移行すべきですか

移行を判断する基準は「現在のMakeShopで解決できない課題があるか」です。月商2,000万円の段階でも、カテゴリ設計・商品訴求・カスタマー対応がMakeShopで効率的に運用できているなら、移行の必要はありません。一方、「外部システムとの連携が複雑になった」「レポート機能が足りない」「複数ブランドの管理が難しい」という課題があれば、Shopifyへの移行を検討する価値があります。移行タイミングは「課題が出た時点」であり、「月商がいくらになったら」という売上基準ではないことが重要です。

Shopifyのアプリは、実装後に何個くらい追加されるのが一般的ですか

実装時に導入するアプリは3〜5個程度（在庫管理・メール・レポートなど）が一般的です。その後、運用を進める中で「この機能があれば売上が上がるはず」という判断で、さらに2〜3個のアプリが追加されることが多いです。つまり、実装時に「月額100ドル」だと思っていたアプリ費用が、1年後には「月額200ドル」になるケースは珍しくありません。この増加を想定せずに投資判断をすると、後から「予算が足りない」という状況に陥ります。

MakeShopでも国際的な展開（多言語・多通貨）に対応できますか

MakeShopでも多言語対応は可能ですが、カスタマイズが必須になります。多言語・多通貨対応を含めたカスタマイズ費用は50万〜200万円になることが多いです。一方、Shopifyは多言語・多通貨対応がプラットフォーム機能に含まれており、カスタマイズ費用が少なく済みます。つまり、海外展開を視野に入れている企業は、Shopifyを選択する方が、長期的には効率的です。

実装企業の提案で、費用が大きく異なる場合、どう判断すべきですか

複数の実装企業から見積もりを取った際に、費用が大きく異なる場合は、見積もり内訳を詳しく確認することが重要です。同じプラットフォームでも「カスタマイズの範囲」「アプリの選定」「テスト期間」で大きく変わります。安い見積もりと高い見積もりの差を明確にして、「何が含まれているか」「何が含まれていないか」を確認することで、本当に必要な投資額が見えてきます。最も安い提案を選ぶのではなく「3年間の総投資額で、最も効率的か」を判断することが大切です。

現在のシステムからの移行期間中、売上が落ちるリスクをどう最小化できますか

移行期間中の売上低下は「顧客がアクセスできない期間」「商品情報が不正確な期間」「決済がうまくいかない期間」から生まれます。これを最小化するには、事前準備が重要です。新しいシステムで「全商品のテスト入力」「決済テスト」「在庫連携テスト」を完了させた状態で、切り替え日を決めます。そして、切り替え直後は「サポート体制を強化」「顧客サポートの電話対応を手厚く」することで、顧客の不満を最小化できます。実装企業と合わせて「移行計画」を綿密に立てることが、売上低下を防ぐ最大の防御になります。

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